Khalid mendapat tempat dalam kesebelasan utama pada 2001 di bawah jurulatih, Allan Harris. Walau bagaimanapun, dia bersama Azmin Azram Abdul Aziz dan Kamarulzaman Hassan disingkirkan dari skuad kebangsaan apabila didapati berada di kelab malam sebelum bermulanya kelayakan Piala Dunia 2002.[3]

Khalid Kembali bersama pasukan kebangsaan pada 2002 dengan mewakili pasukan bawah 23 tahun Malaysia dalam kejohanan Sukan Asia di Busan. Dia menjaringkan hattrick ketika menentang Maldives namun itu belum cukup untuk membantu Malaysia layak ke pusingan kedua. Pada 2004, Khalid menunjukkan prestasi yang menbanggakan apabila menjadi penjaring kedua terbanyak dalam kejohanan Piala Tiger 2004. Dia turut meledak dua gol ketika perlawanan menentang Thailand untuk membantu Malaysia layak ke separuh akhir.[4]

Selepas Piala Tiger, Khalid langsung tidak dipanggil untuk menyertai pasukan kebangsaan meskipun dia muncul selaku penjaring terbanyak tempatan.